Заповедник создан 5 декабря 1986 года, площадь которого составляет — 659,9 тыс. га, это 100 км байкальского побережья, Байкальский хребет и бескрайняя тайга. Отсюда свой исток берет самая протяженная река России — река Лена. Актуальность создания Байкало-Ленского заповедника возросла в середине 1970-х с началом строительства Байкало-Амурской магистрали, когда резко увеличилась антропогенная нагрузка на прилежащие территории.
